课程简介：生物信息学软件主要是为研究生开设的基础课。课程内容为生物信息相关专业课程（，课程内容的体系结构涉及功能注释、表达分析以及网络分析等，主要为培养我院各专业研究生灵活运用软件解决问题的能力，使学生通过本课程的学习，能够熟练掌握一些主要的生物信息学软件。  教学目的：该门课程学习的目的，是使学生熟练掌握一些应用广泛的生物信息学软件，并能运用所学软件分析和解决生物信息科研中的实际问题。本课程从多个层面覆盖生物信息各方面常用的软件，如生物学功能注释、系统生物学分析等。本课程重点讲授Cytoscape及其插件的应用。  教学重点及要求掌握的内容： 一、注释软件 Biomart（2学时）  1. 简介 bioMart是一个集成了生物学数据的大型集成数据库，包括Ensemble, Uniprot,  NCBI, EBI, TAIR等常用的数据库  2. 主要功能 它可以轻松地完成的在多个生物学数据库上繁琐地检索，获取相关数据在不 同数据库间的关联。  3. 实例分析 查找某个基因在染色体上的位置。反之，给定染色体每一区间，返回该区间 的基因s  二、功能分析软件 David（2 学时）  1. 主要功能 主要用于基因的功能富集分析，包括GO富集分析以及KEGG通路富集分析. 2. 实例分析 给定某一基因集合，分析其显著参与的生物学过程 

 

 2  三、网络可视化与分析软件 Cytoscape及其插件（16学时）  1. 简介 Cytoscape是一个开源的生物信息软件平台，它可以对分子互作网络及生物学通路 进行可视化分析，并且可以根据需要将网络相关的注释信息、基因表达谱和其他类型的数据整合到网络中。 2. 主要功能   a) 可视化蛋白质互作、转录调控网络 b) 对网络进行基础分析，如度，聚类系数等 c) 对网络进行模块划分  3. 实例分析 从任意一互作数据库中下载互作数据，并从GEO上下载一套case/control表 达谱数据进行差异表达分析，最后利用软件把差异表达基因在映射到互作网络中并进行可视化。  4. 插件介绍 BiNGO，APCluster，MCODE，OmicsAnalyzer，NetworkAnalyzer， RandomNetworks